Change language:

DÁVKOVÉ ZPRACOVÁNÍ ELEKTROFYZIOLOGICKÝCH DAT: OPEN-SOURCE KNIHOVNA PRO SYSTÉM WORKMATE

R. Ředina, J. Hejč, J. Kolářová, Z. Stárek (Brno)

Tématický okruh: Obecný okruh

Typ: Ústní sdělení - technik, XX. české a slovenské sympozium o arytmiích a KS

Integrované akviziční systémy se často používají při intervenčních kardiologických elektrofyziologických procedurách. Nástroje pro export dat v těchto systémech mají omezené možnosti nastavení. Plný přístup k datům je obtížný kvůli nedostatečné dokumentaci binárních formátů. Proto jsme vyvinuli open-source platformu pro analýzu elektrofyziologických záznamů.

Reverzním inženýrstvím jsme zjistili, jak fungují datové soubory používané během lékařských zákroků. Pomocí počítačového programu vytvořeného v jazyce Python jsme je převedli do běžných formátů (.csv, .h5). To nám umožňuje snadněji analyzovat a sdílet data nebo je importovat do jiných programů.

Testovali jsme výkon programu pro zpracování dat ze 12 studií (průměrně 4421,1±2635,3 MB) získaných během procedur na zvířatech s identickým nastavením náběru dat (2000 Hz, 78 µV/LSB, 51 kanálů). Převod na formát HDF5 trval průměrně 13,9±8,0 sekundy, na formát CSV 178,4±106,6 sekundy. Velikost HDF5 dat se zvýšila o +2,1 %, u CSV o +97,0 %.

Tento balíček nabízí jednoduché a úsporné funkce pro zpracování dat z WorkMate (verze 4.1-4.3). Umožňuje pracovat s elektrofyziologickými záznamy v Pythonu, Matlabu nebo jiném software pro analýzu signálů, např. SignalPlant.